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袋栽与瓶栽过程相似，只是采用聚乙烯或聚氯乙烯塑料袋，装至离袋口约10cm处，收拢袋口，套塑料套环，加棉塞。灭菌，在无菌条件下接种培养。当菌丝长到袋的1/2左右时拔去棉塞和套环，露出料面，让其出芝。注意不要过早打开袋口，以免菌丝干涸而影响子实体发生。段木栽培选择栎树、榆树、桦木等阔叶树种，树龄7~10年，树径6~15cm。砍伐截段伐树在落叶后至翌年萌芽前进行，砍伐时不要损伤树皮。接种前锯成段，浸水12?15h，增加含水量，以利发菌。打孔接种用皮带冲安装在接种锤上打孔，直径约9.6?10mm，随即用接种枪接入菌种，然后用树皮盖封穴，接种选晴天进行，做到边打孔，边接种，边封穴。
栽培季节安排不当一是芝棒制作及接种期安排过晚（如2月以后），如春季突遇高温天气，发菌棚内温度达到40弋以上,极易“烧菌”，菌丝生理活动受到限制并逐渐死亡，各种杂菌趁机感染。二是芝棒制作及接种期安排过早（如11月以前），接种期间气温高，杂菌活跃，菌棒易感染。芝场环境污染主要是上年度染杂菌袋和出过芝的老袋以及当年污染的菌袋在房前、屋后、马路边、芝场旁边晾晒，没有及时清理销毁，致使大量霉菌孢子在空气中飞扬，造成环境污染。段木基质变质主要是装袋时气温较高，装袋后放置时间过长，没有及时灭菌；料袋灭菌时升温时间过长；段木基质水份含量过大，均可造成段木基质变性发酸等。
防治措施针对芝棒污染原因和引发途径，生产上，要掌握灵芝品种的特征特性，提供适宜其生长的环境条件，规范操作，并贯彻为主的方针，避免或减少芝棒感染杂菌。选用优良品种，对退化品种进行提纯复壮选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种进行接种。经多年试验示范，以采收子实体为主的菌株“日本赤灵芝”，采芝、收粉兼用型菌株“黄山8号”两个优良菌株较适宜我省气候特点及段木熟料灵芝栽培模式，由于栽培多年，该两个品种有退化趋势，需进行提纯复壮。科学安排栽培季节根据中原地区气候特点，短段木灵芝菌棒制作期选在11月上旬至翌年2月上旬为宜，在此时段内，为让菌丝有足够的发菌时间，宜利用当地气候资源，提早制作菌棒。
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